Sign in
Register
IC Journals Master List
IC Conferences
IC Journals Master List 2011
Submission Menu
Archives
|
IndexCopernicus Journal Abstract
| |
| Accurate detection of unknown deletions in beta-Globin gene cluster in beta thalassemia carriers using Real-time PCR and MLPA [ شناسايي دقيق حذفهاي ناشناخته خوشه ژني بتاگلوبين در ناقلين بتا تالاسمي با استفاده از دو روش Real-time PCR و MLPA ] S. Babashah , S. Jamali , R. Mahdian, M. Hayat Nosaeid , M. Karimipoor , F. Maryami , M. Raeisi , R. Alimohammadi, S. Zeinali Blood 2009; 5(4):225-235 ICID: 880751 |
| Article type: Original article |
| IC™ Value: 4.88 |
| Accurate detection of unknown deletions in beta-Globin gene cluster in beta thalassemia carriers using Real-time PCR and MLPA Babashah S.1,2(MS), Jamali S.2(MS), Mahdian R.2(PhD), Hayat Nosaeid M.2(MS), Karimipoor M.2(MD), Maryami F.2(PhD), Raeisi M.3(MS), Alimohammadi R.1,3(MS), Zeinali S.2,3(PhD) 1ِِِِِِِِِِِِِِDepartment of Biology, Faculty of Sciences, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran 2Department of Molecular Medicine, Biotechnology Research Center, Pasteur Institute, Tehran, Iran 3Kawsar Human Genetic Research Center, Tehran, Iran Abstract Background and Objectives Although beta thalassemia is mainly caused by mutations involving single base substitutions and small deletions, there have been reports showing deletions of large regions of beta- globin genes play a similar causing role. The strategy to identify beta thalassemia carriers with known deletions is based on PCR techniques such as Gap PCR. There are however some unknown deletions that can not be detected by the above methods. To overcome this limitation, Real-time PCR and MLPA were developed as two quantitative assays for analysis of beta-globin gene cluster. Materials and Methods The subjects were evaluated in a case-control study. Among individuals referred to genetic laboratories of Pasteur Institute of Iran and Kawsar Genetic Research Center, 40 were suspected of having a large deletion in β-globin gene cluster. The including criteria were hematological findings such as low blood indices (MCV <80 fl and MCH <27 pg), normal HbA2 and raised or normal HbF. Genomic DNA was extracted from peripheral blood. A Real-time PCR assay was developed using comparative threshold cycle (Ct) method for analysis of gene copy number. In addition, gene dosage was analyzed using MLPA method. Results Real-time PCR results for quantitative analysis of Beta, Delta, G-gamma genes showed the ratio (2-ΔΔCt) of 0.96 ± 0.18 for normal individuals and 0.58 ± 0.04 for carriers of deletions in beta globin gene cluster. MLPA results showed nearly 50% reduction in the height of the peaks corresponding to regions of deletions. Conclusions MLPA results confirmed the presence of the same deletions detected by Real-time PCR in all of the carrier individuals. It would be ideal to combine these quantitative assays to confirm corresponding results for accurate diagnosis of known and unknown deletions in beta thalassemia carriers. Key words: beta-Thalassemia, beta-Globins, Gene Deletion SJIBTO 2009; 5(4): 225-235 Received:14 Sep 2008 Accepted: 1 Feb 2009 Correspondence: Zeinali S., Department of Molecular Medicine, Biotechnology Research Center, Pasteur Institute. P.O.Box: 13185-1667, Tehran, Iran. Tel: (+9821) 66480780; Fax : (+9821) 66480780 E-mail: siruszeinali@yahoo.com |
: شناسايي دقيق حذفهاي ناشناخته خوشه ژني بتاگلوبين در ناقلين بتا تالاسمي با استفاده از دو روش Real-time PCR و MLPA صادق باباشاه1، سميه جمالي2، دكتر رضا مهديان3، مينا حيات نوسعيد4، دكتر مرتضي كريميپور5، دكتر فرشته مريمي6، مرضيه رئيسي7، راحله عليمحمدي8، دكتر سيروس زينلي9 چكيده سابقه و هدف بتا تالاسمي به طور عمده از جهشهاي نقطهاي يا حذفهاي كوچك ناشي ميشود ولي مواردي از وجود حذفهاي بزرگ در خوشه ژني بتاگلوبين مشاهده شده است. شناسايي حذفهاي شناخته شده مبتني بر روش Gap PCR ميباشد در حالي كه حذفهاي ناشناخته با اين روش شناسايي نميشوند. براي فايق آمدن بر اين محدوديت، دو روش كمي Real-time PCR و MLPA براي بررسي كمي خوشه ژني بتاگلوبين به كار گرفته شد. مواد وروشها در اين مطالعه كه به صورت مورد - شاهدي انجام شد، به روش سرشماري 40 فرد ناقل مشكوك به حذف در خوشه ژني بتاگلوبين كه داراي شاخصهاي خوني كاهش يافته(pg 27 MCH < ، fl 80 < MCV)، هموگلوبين A2 نرمال و هموگلوبين F افزايش يافته يا نرمال بودند وارد مطالعه شدند. تعداد نسخههاي ژني با به كارگيري روش Real-time PCR و روش مقايسهاي چرخه آستانه، مورد بررسي قرار گرفت. هم چنين تعداد نسخههاي ژني با روش MLPA نيز ارزيابي شد. يافتهها نتايج حاصل از Real-time PCR براي ژنهاي HBB ، HBD و HBG2 با استفاده از روش بررسي مقايسهاي چرخه آستانه، ميزان –ΔΔCt2 را براي افراد سالم، 18/0 ± 96/0 و براي ناقلين حذف در خوشه ژني بتاگلوبين، 04/0 ± 58/0 نشان داد. هم چنين نتايج حاصل از MLPA ، كاهش حدود 50% در ارتفاع پيك شناساگرهاي تكثير يافته مرتبط با ژن حذف شده در افراد هتروزيگوت را نشان داد. نتيجه گيری نتايج MLPA و بررسي پيكهاي حاصل از تكثير شناساگر، وجود حذف را در مناطقي كه توسط Real-time PCR شناسايي شده بود، تاييد كرد. با كمك اين دو روش ميتوان حذفهاي شناخته شده و ناشناخته را در ناقلين بتا تالاسمي با دقت زياد شناسايي نمود. كلمات كليدي: بتا تالاسمي، بتاگلوبين، حذف ژني تاريخ دريافت : 24/6 /87 تاريخ پذيرش : 13/11/87 1ـ كارشناس ارشد سلولي و مولكولي ـ واحد علوم و تحقيقات دانشگاه آزاد اسلامي و مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 2ـ كارشناس ارشد زيستشناسي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 3- PhD بيوتكنولوژي پزشكي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 4- كارشناس ارشد سلولي و مولكولي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 5ـ پزشك عمومي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 6ـ PhD بيوتكنولوژي پزشكي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران 7ـ كارشناس ارشد ژنتيك ـ مركز تحقيقات ژنتيك انساني كوثر 8ـ كارشناس ارشد ژنتيك ـ واحد علوم و تحقيقات دانشگاه آزاد اسلامي 9ـ مؤلف مسؤول: PhD ژنتيك پزشكي ـ مركز تحقيقات بيوتكنولوژي انستيتو پاستور ايران و مركز تحقيقات ژنتيك انساني كوثرـ صندوق پستي: 1667-13185 |
 |
ICID 880751 |
| Full Text |
Related articles |
|
|
|